Toolverse
All skills
UX / Design

tooluniverse-protein-therapeutic-design

by mims-harvard

Design novel protein therapeutics (binders, enzymes, scaffolds) using AI-guided de novo design. Uses RFdiffusion for backbone generation, ProteinMPNN for sequence design, ESMFold/AlphaFold2 for validation. Use when asked to design protein binders, therapeutic proteins, or

Installation

Pick a client and clone the repository into its skills directory.

Installation

Quick info

Author
mims-harvard
Category
UX / Design
Views
1
GitHub repo

About this skill

Design novel protein therapeutics (binders, enzymes, scaffolds) using AI-guided de novo design. Uses RFdiffusion for backbone generation, ProteinMPNN for sequence design, ESMFold/AlphaFold2 for validation. Use when asked to design protein binders, therapeutic proteins, or engineer protein function.

How to use

  1. Zainstaluj umiejętność w swoim środowisku Claude/Copilot, dodając repozytorium ToolUniverse do dostępnych narzędzi.

  2. Przygotuj opis celu projektowania: określ, jaką strukturę docelową chcesz, aby białko się wiązało, czy projektując wiążące (nanociała, peptydy) czy większe białka projektowane. Opisz wymagania dotyczące stabilności, immunogeniczności i wytwarzalności.

  3. Poproś narzędzie o zaprojektowanie białka, podając szczegóły interakcji docelowej — na przykład: "Zaprojektuj białko wiążące do domeny białka X" lub "Stwórz rusztowanie białkowe o określonej geometrii".

  4. Narzędzie wygeneruje szkielet strukturalny za pomocą RFdiffusion, a następnie zoptymalizuje sekwencję aminokwasów przy użyciu ProteinMPNN, biorąc pod uwagę właściwości terapeutyczne.

  5. Zweryfikuj zaproponowany projekt — narzędzie przewidzi strukturę 3D za pomocą ESMFold lub AlphaFold2 i oceni projekt na podstawie metryk pewności.

  6. Otrzymaj sekwencję białka gotową do eksperymentalnego testowania wraz z oceną jakości projektu i rekomendacjami dotyczącymi dalszych optymalizacji.

Related skills

stitch-ui-design

by sickn33

Expert guide for creating effective prompts for Google Stitch AI UI design tool. Use when user wants to design UI/UX in Stitch, create app interfaces, generate mobile/web designs, or needs help crafting Stitch prompts. Covers prompt structure, specificity techniques, iteration

UX / Design
1670

mermaid

by iOfficeAI

Render Mermaid diagrams as SVG or ASCII art using beautiful-mermaid. Use when users need to create flowcharts, sequence diagrams, state diagrams, class diagrams, or ER diagrams. Supports both graphical SVG output and terminal-friendly ASCII/Unicode output.

UX / Design
1881

ux-writing

by content-designer

Create user-centered, accessible interface copy (microcopy) for digital products including buttons, labels, error messages, notifications, forms, onboarding, empty states, success messages, and help text. Use when writing or editing any text that appears in apps, websites, or

UX / Design
24114

penpot-uiux-design

by github

Comprehensive guide for creating professional UI/UX designs in Penpot using MCP tools. Use this skill when: (1) Creating new UI/UX designs for web, mobile, or desktop applications, (2) Building design systems with components and tokens, (3) Designing dashboards, forms,

UX / Design
1788

blender-toolkit

by Dev-GOM

Automate Blender tasks like creating 3D shapes, managing materials, and retargeting Mixamo animations with real-time control.

UX / Design
60200

mcp-builder

by anthropics

Guide for creating high-quality MCP (Model Context Protocol) servers that enable LLMs to interact with external services through well-designed tools. Use when building MCP servers to integrate external APIs or services, whether in Python (FastMCP) or Node/TypeScript (MCP SDK).

UX / Design
91171