tooluniverse-sequence-retrieval
Retrieves biological sequences (DNA, RNA, protein) from NCBI and ENA with gene disambiguation, accession type handling, and comprehensive sequence profiles. Creates detailed reports with sequence metadata, cross-database references, and download options. Use when users need
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Retrieves biological sequences (DNA, RNA, protein) from NCBI and ENA with gene disambiguation, accession type handling, and comprehensive sequence profiles. Creates detailed reports with sequence metadata, cross-database references, and download options. Use when users need nucleotide sequences, protein sequences, genome data, or mention GenBank, RefSeq, EMBL accessions.
How to use
Zainstaluj umiejętność w swoim środowisku agenta, dodając ją do konfiguracji MCP server.
Gdy potrzebujesz sekwencji biologicznej, podaj agentowi wyraźnie: nazwę genu, organizm (nazwa naukowa), typ sekwencji (genomowa, mRNA lub białko) oraz numer dostępu, jeśli go posiadasz (np. GenBank, RefSeq, EMBL).
Agent najpierw wyjaśni niejednoznaczności — jeśli gen występuje w wielu organizmach lub typ sekwencji jest niejasny, poprosi o potwierdzenie. Pomiń ten krok, jeśli podałeś konkretny numer dostępu lub pełną kombinację organizmu i genu.
Umiejętność automatycznie wybierze właściwą bazę danych (NCBI dla RefSeq i GenBank, ENA dla formatów EMBL) na podstawie prefiksu numeru dostępu. Preferuje kurowane sekwencje RefSeq (NM_/NP_) przed przewidywanymi (XM_/XP_) i GenBank.
Pobierz sekwencję i otrzymaj szczegółowy raport zawierający metadane, wersję sekwencji, referencje krzyżowe do innych baz oraz opcje pobrania pliku w standardowych formatach.
Zawsze używaj angielskich nazw genów w zapytaniach do narzędzia — agent automatycznie przetłumaczy Twoją polską prośbę na angielskie terminy wyszukiwania.