tooluniverse-protein-structure-retrieval

Retrieves protein structure data from RCSB PDB, PDBe, and AlphaFold with protein disambiguation, quality assessment, and comprehensive structural profiles. Creates detailed structure reports with experimental metadata, ligand information, and download links. Use when users need protein structures, 3D models, crystallography data, or mention PDB IDs (4-character codes like 1ABC) or UniProt accessions.

1. Zainstaluj umiejętność w swoim środowisku Claude/Copilot, dodając ToolUniverse Protein Structure Retrieval do dostępnych narzędzi.

2. Podaj białko do przeszukania — możesz użyć identyfikatora PDB (czteroznakowy kod jak 1ABC), numeru UniProt (np. P12345) lub nazwy białka z organizmem (np. "insulina człowieka"). Jeśli nazwa jest niejednoznaczna, narzędzie zapyta o uściślenie.

3. Narzędzie automatycznie rozróżnia białko i wyszukuje struktury eksperymentalne w bazach RCSB i PDBe oraz przewidywane struktury w AlphaFold. Nie zgaduje — zawsze potwierdza dostępność danych.

4. Otrzymasz szczegółowy raport zawierający rozdzielczość (dla danych rentgenowskich i krioEM), wartości pLDDT (dla AlphaFold), metadane eksperymentalne, informacje o ligandach i linki do pobrania modeli 3D.

5. Użyj oceny jakości do interpretacji wyników — struktury rentgenowskie poniżej 2 Å są wysokiej jakości do projektowania leków, krioEM 3-4 Å dobrze pokazuje fold, a AlphaFold jest niezawodny dla domen uporządkowanych, ale może być niedokładny dla regionów nieustrukturyzowanych.

6. Pobierz wybrane struktury w formatach PDB lub mmCIF za pomocą dostarczonych linków, gotowe do analizy w programach do wizualizacji molekularnej.