string-protein-interaction-analysis-with-omicverse

Help Claude query STRING for protein interactions, build PPI graphs with pyPPI, and render styled network figures for bulk gene lists.

1. Zainstaluj omicverse i zaimportuj bibliotekę: import omicverse as ov, a następnie zastosuj styl wizualizacji poleceniem ov.style() lub ov.plot_set().

2. Przygotuj listę genów do analizy, usuwając duplikaty i weryfikując, że zawiera co najmniej 2 geny wymagane do analizy interakcji. Możesz użyć list(dict.fromkeys(gene_list)) aby zachować oryginalną kolejność.

3. Utwórz słowniki metadanych mapujące każdy gen na typ (np. "Lipid_synthesis", "Lipid_transport") i kolor heksadecymalny (np. "#F7828A"). Każdy gen z listy musi pojawić się w obu słownikach dla poprawnego renderowania legendy.

4. Wykonaj zapytanie do bazy STRING poleceniem ov.bulk.string_interaction(gene_list, species_id), gdzie species_id to identyfikator NCBI gatunku. Sprawdź wynikowy DataFrame pod kątem combined_score i kanałów dowodów, aby potwierdzić pokrycie danych.

5. Skonstruuj obiekt PPI przy użyciu ov.bulk.pyPPI() z parametrami: lista genów, słownik typów genów, słownik kolorów i identyfikator gatunku.

6. Wygeneruj wizualizację sieci poleceniami ppi.interaction_analysis() do analizy interakcji i ppi.plot_network() do renderowania stylizowanego wykresu sieciowego.