single-trajectory-analysis

Guide to reproducing OmicVerse trajectory workflows spanning PAGA, Palantir, VIA, velocity coupling, and fate scoring notebooks.

1. Przygotuj dane: załaduj obiekt AnnData z preprocessowanymi danymi ekspresji genów i przygotuj macierz sąsiedztwa za pomocą pp.neighbors.
2. Uruchom PAGA: zastosuj tl.paga do obliczenia łączności klastrów, a następnie tl.draw_graph lub tl.umap z init_pos='paga' do wizualizacji topologii.
3. Dodaj trajektorie: wybierz metodę (Palantir z ręcznie wybranymi komórkami startowymi, VIA z automatycznym lub zdefiniowanym przez użytkownika korzeniem, lub obie) i uruchom obliczenia pseudoczasu oraz prawdopodobieństw gałęzień.
4. Oblicz prędkość RNA: zastosuj scv.pp.filter_and_normalize, scv.pp.moments i scv.tl.velocity do wygenerowania warstw prędkości, następnie przekaż je do VIA lub użyj scv.tl.latent_time do porównania.
5. Użyj ujednoliconego interfejsu Velo: zamiast wywoływać każdy backend osobno, użyj ov.single.Velo z wybranym backendem (scvelo, dynamo, latentvelo lub graphvelo) do automatycznego przetworzenia i wizualizacji.
6. Waliduj wyniki: porównaj pseudoczasy i kierunkowość między metodami, zweryfikuj wybór komórek startowych i przeanalizuj potencjał różnicowania dla wybranych komórek lub klastrów.