scikit-bio
Biological data toolkit. Sequence analysis, alignments, phylogenetic trees, diversity metrics (alpha/beta, UniFrac), ordination (PCoA), PERMANOVA, FASTA/Newick I/O, for microbiome analysis.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Biological data toolkit. Sequence analysis, alignments, phylogenetic trees, diversity metrics (alpha/beta, UniFrac), ordination (PCoA), PERMANOVA, FASTA/Newick I/O, for microbiome analysis.
How to use
Zainstaluj scikit-bio w swoim środowisku Python, jeśli jeszcze tego nie zrobiłeś — biblioteka jest dostępna przez pip i zawiera wszystkie niezbędne moduły do pracy z danymi biologicznymi.
Wczytaj sekwencje biologiczne z pliku w formacie FASTA, FASTQ, GenBank lub innym obsługiwanym formacie, używając odpowiedniej klasy (DNA, RNA, Protein) i metody read().
Wykonaj operacje na sekwencjach — oblicz sekwencję komplementarną, transkrybuj DNA na RNA, tłumacz RNA na białko lub wyszukaj motywy za pomocą wyrażeń regularnych.
Jeśli pracujesz z danymi filogenetycznymi, wczytaj drzewa z pliku Newick i analizuj strukturę ewolucyjną sekwencji.
Oblicz metryki różnorodności (alfa, beta, odległości UniFrac) dla danych mikrobiomowych oraz wykonaj testy statystyczne takie jak PERMANOVA lub ordynację (PCoA), aby porównać próbki lub warunki eksperymentalne.
Eksportuj wyniki analizy do pliku lub tabeli danych w formacie obsługiwanym przez scikit-bio, aby udostępnić je innym narzędziom lub do dalszej wizualizacji.