reactome-database
Query Reactome REST API for pathway analysis, enrichment, gene-pathway mapping, disease pathways, molecular interactions, expression analysis, for systems biology studies.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Query Reactome REST API for pathway analysis, enrichment, gene-pathway mapping, disease pathways, molecular interactions, expression analysis, for systems biology studies.
How to use
Zainstaluj skill w swoim środowisku Claude/Copilot, wskazując repozytorium davila7/claude-code-templates i ścieżkę cli-tool/components/skills/scientific/reactome-database.
Przygotuj listę genów lub białek, które chcesz przeanalizować. Możesz pracować z danymi ekspresji genów lub prostą listą identyfikatorów.
Użyj Content Service (https://reactome.org/ContentService) do pobrania informacji o szlakach biologicznych — możesz wyszukiwać konkretne szlaki, reaktancje, kompleksy lub cząsteczki uczestniczące w procesach biologicznych.
Dla analizy statystycznej zastosuj Analysis Service — wybierz typ analizy (overrepresentation analysis dla list genów lub expression data analysis dla danych ekspresji) i prześlij swoje dane.
Przeanalizuj wyniki, aby zidentyfikować statystycznie istotne szlaki biologiczne powiązane z Twoimi danymi. Wyniki możesz wizualizować w Reactome Pathway Browser.
Jeśli pracujesz z wieloma organizmami, wykorzystaj funkcję porównania szlaków między gatunkami, aby zrozumieć ewolucyjne różnice w procesach biologicznych.