pysam

Name: pysam
Author: davila7

Genomic file toolkit. Read/write SAM/BAM/CRAM alignments, VCF/BCF variants, FASTA/FASTQ sequences, extract regions, calculate coverage, for NGS data processing pipelines.

Installation

Pick a client and clone the repository into its skills directory.

Installation

Quick info

Author: davila7
Category: Testing

GitHub repo

About this skill

Genomic file toolkit. Read/write SAM/BAM/CRAM alignments, VCF/BCF variants, FASTA/FASTQ sequences, extract regions, calculate coverage, for NGS data processing pipelines.

How to use

Zainstaluj pysam za pomocą menedżera pakietów: uruchom polecenie uv pip install pysam w terminalu. 2. Przygotuj plik genomiczny do analizy — może to być plik wyrównania (BAM), wariantów (VCF) lub sekwencji referencyjnej (FASTA). 3. Aby odczytać plik wyrównania, zaimportuj moduł pysam, otwórz plik za pomocą AlignmentFile(), a następnie iteruj po odczytach w wybranym regionie genomowym używając metody fetch() — na przykład fetch("chr1", 1000, 2000) pobierze wszystkie odczyty z chromosomu 1 między pozycjami 1000 a 2000. 4. Do pracy z wariantami genetycznymi otwórz plik VCF za pomocą VariantFile() i iteruj po wariantach — każdy wariant zawiera informacje o chromosomie, pozycji, allelu referencyjnym i allelu alternatywnym. 5. Aby wyekstrahować sekwencję z pliku FASTA, użyj FastaFile() i metody fetch() z podaniem chromosomu i zakresu pozycji — zwróci to sekwencję DNA dla tego regionu. 6. Po zakończeniu analizy zamknij pliki za pomocą metody close(), aby zwolnić zasoby.

Related skills

qa-tester

by svilupp

Testing

2399

lean4-theorem-proving

by cameronfreer

Use when developing Lean 4 proofs, facing type class synthesis errors, managing sorries/axioms, or searching mathlib - provides build-first workflow, instance management patterns (haveI/letI), and domain-specific tactics

Testing

9108

test-cases

by cexll

This skill should be used when generating comprehensive test cases from PRD documents or user requirements. Triggers when users request test case generation, QA planning, test scenario creation, or need structured test documentation. Produces detailed test cases covering

Testing

2862

code-review-excellence

by wshobson

Master effective code review practices to provide constructive feedback, catch bugs early, and foster knowledge sharing while maintaining team morale. Use when reviewing pull requests, establishing review standards, or mentoring developers.

Testing

1145

playwright-browser-automation

by lackeyjb

Complete browser automation with Playwright. Auto-detects dev servers, writes clean test scripts to /tmp. Test pages, fill forms, take screenshots, check responsive design, validate UX, test login flows, check links, automate any browser task. Use when user wants to test

Testing

13130

textual

by KyleKing

Expert guidance for building TUI (Text User Interface) applications with the Textual framework. Invoke when user asks about Textual development, TUI apps, widgets, screens, CSS styling, reactive programming, or testing Textual applications.

Testing

69192