pydicom

Python library for working with DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) files. Use this skill when reading, writing, or modifying medical imaging data in DICOM format, extracting pixel data from medical images (CT, MRI, X-ray, ultrasound), anonymizing DICOM files, working with DICOM metadata and tags, converting DICOM images to other formats, handling compressed DICOM data, or processing medical imaging datasets. Applies to tasks involving medical image analysis, PACS systems, radiology workflows, and healthcare imaging applications.

1. Zainstaluj pydicom wraz z zależnościami: uruchom uv pip install pydicom, a następnie uv pip install pillow numpy matplotlib do konwersji formatów i manipulacji danymi pikseli. 2. Jeśli pracujesz z plikami DICOM o skompresowanych danych, doinstaluj obsługę kodowania: uv pip install pylibjpeg pylibjpeg-libjpeg pylibjpeg-openjpeg dla kompresji JPEG lub uv pip install python-gdcm jako alternatywę. 3. Wczytaj plik DICOM za pomocą funkcji pydicom.dcmread(), podając ścieżkę do pliku – zwraca obiekt zawierający wszystkie metadane i dane pikseli. 4. Dostęp do metadanych i tagów DICOM poprzez atrybuty obiektu, np. dataset.PatientName, dataset.PatientID czy dataset.pixel_array dla danych obrazu. 5. Wykonaj operacje takie jak anonimizacja (usunięcie danych pacjenta), ekstrakcja pikseli do przetwarzania, konwersja do formatów PNG/JPG za pomocą Pillow, lub rekonstrukcja wielowarstwowych tomów z sekwencji DICOM. 6. Zapisz zmodyfikowany plik DICOM funkcją dataset.save_as() lub wyeksportuj dane do innego formatu w zależności od potrzeb przepływu pracy w systemie PACS lub badań medycznych.