pubchem-database
Query PubChem via PUG-REST API/PubChemPy (110M+ compounds). Search by name/CID/SMILES, retrieve properties, similarity/substructure searches, bioactivity, for cheminformatics.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Query PubChem via PUG-REST API/PubChemPy (110M+ compounds). Search by name/CID/SMILES, retrieve properties, similarity/substructure searches, bioactivity, for cheminformatics.
How to use
Zainstaluj bibliotekę PubChemPy za pomocą pip install pubchempy, która umożliwia komunikację z bazą PubChem poprzez API PUG-REST.
Wyszukaj związek chemiczny po nazwie, importując pubchempy i wywołując pcp.get_compounds('nazwa_związku', 'name'), co zwróci listę pasujących związków. Dla aspiryny użyj pcp.get_compounds('aspirin', 'name').
Alternatywnie wyszukaj po identyfikatorze CID (Compound ID) za pomocą pcp.Compound.from_cid(2244), gdzie 2244 to CID aspiryny, lub po strukturze SMILES podając notację SMILES jako drugi parametr.
Pobierz właściwości molekularne znalezionego związku, takie jak masa cząsteczkowa, LogP czy topologiczna powierzchnia polarna, które są dostępne jako atrybuty obiektu związku.
Wykonaj wyszukiwania zaawansowane: dla podobnych związków użyj similarity search, dla motywów strukturalnych użyj substructure search, podając odpowiednią strukturę referencyjną.
Dla przetwarzania wielu związków jednocześnie iteruj po liście identyfikatorów lub struktur, wykonując zapytania w pętli, co pozwala na screening drug-likeness lub analizę właściwości w dużych zbiorach danych.