omero-integration

Microscopy data management platform. Access images via Python, retrieve datasets, analyze pixels, manage ROIs/annotations, batch processing, for high-content screening and microscopy workflows.

1. Zainstaluj bibliotekę omero-py, która jest wymagana do komunikacji z serwerem OMERO. Upewnij się, że masz dostęp do działającego serwera OMERO oraz dane logowania (nazwa użytkownika i hasło).

2. Nawiąż połączenie z serwerem OMERO, podając adres serwera i poświadczenia. Umiejętność obsługuje zarówno nowe sesje, jak i ponowne użycie istniejących identyfikatorów sesji. Po połączeniu możesz przełączać się między kontekstami grup, jeśli masz dostęp do wielu grup.

3. Pobierz dane z hierarchicznej struktury OMERO: najpierw projekty, następnie zbiory danych, a na końcu obrazy. Możesz również pracować z danymi screeningu (ekrany → płytki → studnie). Umiejętność pozwala na wyszukiwanie obiektów po identyfikatorach lub atrybutach oraz dostęp do metadanych.

4. Analizuj piksele obrazów i twórz obrazy pochodne. Możesz również tworzyć lub zarządzać obszarami zainteresowania (ROI) na obrazach mikroskopowych oraz dodawać adnotacje, tagi i metadane do obiektów OMERO.

5. Przechowuj wyniki pomiarów w tabelach OMERO i twórz skrypty po stronie serwera do przetwarzania wsadowego. Jest to szczególnie przydatne w przepływach pracy związanych z screeningiem wysokowydajnym, gdzie musisz przetwarzać wiele obrazów jednocześnie.