neuropixels-analysis

Neuropixels neural recording analysis. Load SpikeGLX/OpenEphys data, preprocess, motion correction, Kilosort4 spike sorting, quality metrics, Allen/IBL curation, AI-assisted visual analysis, for Neuropixels 1.0/2.0 extracellular electrophysiology. Use when working with neural recordings, spike sorting, extracellular electrophysiology, or when the user mentions Neuropixels, SpikeGLX, Open Ephys, Kilosort, quality metrics, or unit curation.

1. Przygotuj dane nagrań neuronalnych w formacie obsługiwanym przez skill — SpikeGLX (.ap.bin, .lf.bin, .meta), Open Ephys (.continuous, .oebin) lub NWB (.nwb). Upewnij się, że posiadasz metadane dotyczące użytej sondy (Neuropixels 1.0 lub 2.0).

2. Załaduj dane za pomocą odpowiedniego czytnika — dla SpikeGLX użyj si.read_spikeglx(), dla Open Ephys si.read_openephys(), dla NWB si.read_nwb(). Skill automatycznie rozpozna format na podstawie rozszerzenia pliku.

3. Przeprowadź preprocessing nagrania — zastosuj filtrowanie, Common Average Reference (CAR) oraz automatyczną detekcję kanałów uszkodzonych. W tym kroku skill koryguje również dryf i ruchy artefakty w zapisie.

4. Uruchom spike sorting za pomocą Kilosort4 lub alternatywnych algorytmów (SpykingCircus2, Mountainsort5). Skill obsługuje pełną konfigurację parametrów sortowania dla różnych geometrii sond.

5. Oblicz metryki jakości dla każdej wykrytej jednostki — SNR, wskaźnik naruszeń ISI, presence ratio i inne parametry. Skill automatycznie stosuje kryteria kuracji Allen/IBL do oceny wiarygodności jednostek.

6. Wyeksportuj wyniki do formatu Phy do wizualnej inspekcji lub do NWB do archiwizacji — dane są gotowe do dalszej analizy lub publikacji.