medchem

Medicinal chemistry filters. Apply drug-likeness rules (Lipinski, Veber), PAINS filters, structural alerts, complexity metrics, for compound prioritization and library filtering.

1. Zainstaluj bibliotekę medchem za pomocą menedżera pakietów: uv pip install medchem. Upewnij się, że masz zainstalowany Python i dostęp do narzędzi do zarządzania zależnościami.

2. Zaimportuj moduł medchem i przygotuj listę cząsteczek w formacie SMILES (notacja tekstowa struktur chemicznych). Możesz pracować z pojedynczymi łańcuchami SMILES lub załadować całe biblioteki przy użyciu biblioteki datamol do konwersji na obiekty molekularne.

3. Zastosuj pojedynczą regułę drug-likenessa do SMILES-a, na przykład Rule of Five (Lipinski) dla aspiryny. Funkcja zwraca wartość logiczną (True/False) wskazującą, czy cząsteczka spełnia kryteria.

4. Dla bardziej zaawansowanej analizy użyj klasy RuleFilter do jednoczesnego zastosowania wielu reguł (Rule of Oprea, Rule of CNS, Rule of Veber i innych). Pozwala to na szybką filtrację całych bibliotek według wybranych kryteriów.

5. Oceń wyniki filtrowania i priorytetyzuj związki na podstawie liczby spełnionych reguł oraz wykrytych alertów strukturalnych. Pamiętaj, że reguły są wytycznymi — zawsze łącz wyniki z wiedzą ekspertów w dziedzinie chemii medycznej.