matchms
Mass spectrometry analysis. Process mzML/MGF/MSP, spectral similarity (cosine, modified cosine), metadata harmonization, compound ID, for metabolomics and MS data processing.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Mass spectrometry analysis. Process mzML/MGF/MSP, spectral similarity (cosine, modified cosine), metadata harmonization, compound ID, for metabolomics and MS data processing.
How to use
Zainstaluj matchms za pomocą pip: pip install matchms. Biblioteka wymaga Pythona 3.7+.
Wczytaj dane spektrometryczne z wybranego formatu. Użyj load_from_mgf() dla plików MGF, load_from_mzml() dla mzML, load_from_msp() dla MSP lub load_from_json() dla JSON. Każda funkcja zwraca listę spektr gotowych do przetwarzania.
Zastosuj filtry harmonizacyjne za pomocą default_filters(), aby ustandaryzować metadane spektr. Funkcja automatycznie czyści i normalizuje pola metadanych.
Przefiltruj piki spektralne używając select_by_relative_intensity() lub require_minimum_number_of_peaks(). Normalizuj intensywności za pomocą normalize_intensities().
Oblicz podobieństwo między spektrami, korzystając z dostępnych metryk (cosine similarity, modified cosine). Wyniki możesz wykorzystać do identyfikacji związków lub grupowania spektr.
Wyeksportuj przetworzone dane w wybranym formacie: save_as_mgf(), save_as_msp() lub save_as_json(). Zapisane pliki możesz następnie użyć w dalszych analizach lub udostępnić innym narzędziom.