L
latchbio-integration
Latch platform for bioinformatics workflows. Build pipelines with Latch SDK, @workflow/@task decorators, deploy serverless workflows, LatchFile/LatchDir, Nextflow/Snakemake integration.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Latch platform for bioinformatics workflows. Build pipelines with Latch SDK, @workflow/@task decorators, deploy serverless workflows, LatchFile/LatchDir, Nextflow/Snakemake integration.
How to use
- Zainstaluj Latch SDK poleceniem python3 -m uv pip install latch, a następnie zaloguj się do platformy za pomocą latch login — będziesz potrzebować konta na Latch.
- Zainicjuj nowy projekt workflow'u komendą latch init my-workflow, która utworzy strukturę katalogów i pliki szablonów.
- Zdefiniuj swój workflow w Pythonie, używając dekoratora @workflow dla głównego pipeline'u i @task dla poszczególnych etapów przetwarzania danych — każde zadanie może pracować z LatchFile (pojedyncze pliki) lub LatchDir (katalogi).
- Skonfiguruj zasoby obliczeniowe, wybierając predefiniowane dekoratory (@small_task, @large_gpu_task) lub określając własne wymagania CPU, pamięci i GPU.
- Zarejestruj workflow na platformie poleceniem latch register my-workflow — Latch automatycznie konteneryzuje kod, wersjonuje go i generuje interfejs webowy.
- Uruchamiaj pipeline'y poprzez interfejs webowy platformy lub API, przekazując dane wejściowe; platforma zarządza transferem plików między lokalnym systemem a chmurą oraz skalowaniem zasobów.