instrument-data-to-allotrope

Convert laboratory instrument output files (PDF, CSV, Excel, TXT) to Allotrope Simple Model (ASM) JSON format or flattened 2D CSV. Use this skill when scientists need to standardize instrument data for LIMS systems, data lakes, or downstream analysis. Supports auto-detection of instrument types. Outputs include full ASM JSON, flattened CSV for easy import, and exportable Python code for data engineers. Common triggers include converting instrument files, standardizing lab data, preparing data for upload to LIMS/ELN systems, or generating parser code for production pipelines.

1. Przygotuj plik wyjściowy z przyrządu laboratoryjnego w formacie PDF, CSV, Excel lub TXT. Jeśli znasz typ przyrządu, zanotuj go — narzędzie może go również automatycznie wykryć z zawartości pliku.

2. Uruchom umiejętność, przekazując plik i opcjonalnie typ przyrządu. Narzędzie przeanalizuje zawartość i automatycznie wybierze odpowiedni parser.

3. Otrzymasz trzy wyjścia: pełny plik JSON w formacie Allotrope Simple Model (ASM) z pełną strukturą semantyczną, spłaszczony plik CSV w formacie tabelarycznym gotowy do bezpośredniego importu, oraz kod Python, który możesz przekazać zespołowi inżynierów danych do integracji z produkcyjnymi potokami.

4. Jeśli planujesz dostosować umiejętność do swoich potrzeb, zmodyfikuj pliki w katalogu references/ aby zawierały schematy lub mapowania ontologiczne specyficzne dla Twojej organizacji.

5. Dla zaawansowanych przypadków połącz umiejętność z serwerem MCP, który ma dostęp do Twojego systemu LIMS, katalogu danych lub rejestru schematów, aby automatycznie pobierać i walidować schematy.

6. Importuj wygenerowane pliki CSV lub JSON bezpośrednio do systemu LIMS, ELN lub jeziora danych — dane są już w standardowym formacie gotowym do dalszej analizy.