hmdb-database
Access Human Metabolome Database (220K+ metabolites). Search by name/ID/structure, retrieve chemical properties, biomarker data, NMR/MS spectra, pathways, for metabolomics and identification.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Access Human Metabolome Database (220K+ metabolites). Search by name/ID/structure, retrieve chemical properties, biomarker data, NMR/MS spectra, pathways, for metabolomics and identification.
How to use
Zainstaluj skill hmdb-database w swoim środowisku Claude lub Codex, wskazując repozytorium davila7/claude-code-templates.
Przygotuj zapytanie – możesz wyszukiwać metabolity na kilka sposobów: po nazwie (np. "glucose"), po identyfikatorze HMDB (np. "HMDB0000001"), po powiązaniu z chorobą lub szlakiem metabolicznym, albo po typie próbki biologicznej (mocz, surowica, płyn mózgowo-rdzeniowy).
Wykonaj wyszukiwanie tekstowe poprzez skill – podaj nazwę metabolitu lub jego synonim. Skill zwróci podstawowe dane z bazy, w tym identyfikator HMDB, formułę chemiczną, masę cząsteczkową i powiązane szlaki.
Dla wyszukiwania strukturalnego użyj notacji SMILES lub InChI – skill obsługuje zapytania oparte na strukturze chemicznej, co pozwala znaleźć metabolity podobne do podanego związku lub wyszukać w zakresie masy cząsteczkowej.
Pobierz szczegółowe dane – skill udostępnia dostęp do ponad 130 pól danych na metabolit, w tym spektra NMR, dane spektrometryczne MS/MS, informacje o biomarkerach klinicznych, stężenia normy i patologiczne oraz powiązania z bazami KEGG, PubChem, MetaCyc i innymi.
Wykorzystaj wyniki do analizy metabolomicznej – dane z HMDB wspierają identyfikację nieznanych metabolitów, badania biomarkerów chorobowych oraz mapowanie szlaków metabolicznych zaangażowanych w procesy biologiczne.