G
gtars
High-performance toolkit for genomic interval analysis in Rust with Python bindings. Use when working with genomic regions, BED files, coverage tracks, overlap detection, tokenization for ML models, or fragment analysis in computational genomics and machine learning applications.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
High-performance toolkit for genomic interval analysis in Rust with Python bindings. Use when working with genomic regions, BED files, coverage tracks, overlap detection, tokenization for ML models, or fragment analysis in computational genomics and machine learning applications.
How to use
- Zainstaluj bibliotekę Pythona za pomocą polecenia
uv pip install gtars. 2. Zaimportuj gtars w swoim skrypcie Python:import gtars. 3. Wczytaj plik BED zawierający regiony genomiczne, które chcesz analizować. 4. Użyj funkcji detekcji nakładań (overlap detection) do znalezienia regionów, które się przecinają — przydatne przy adnotacji wariantów lub porównywaniu pików z eksperymentów ChIP-seq. 5. Jeśli przygotowujesz dane do modelu uczenia maszynowego, zastosuj moduł tokenizacji do konwersji interwałów genomicznych na reprezentacje numeryczne. 6. Dla zaawansowanych zastosowań rozważ instalację narzędzi CLI (cargo install gtars-cli) lub dodanie biblioteki do projektu Rust ([dependencies] gtars = { version = "0.1", features = ["tokenizers", "overlaprs"] }).