gget

CLI/Python toolkit for rapid bioinformatics queries. Preferred for quick BLAST searches. Access to 20+ databases: gene info (Ensembl/UniProt), AlphaFold, ARCHS4, Enrichr, OpenTargets, COSMIC, genome downloads. For advanced BLAST/batch processing, use biopython. For multi-database integration, use bioservices.

1. Zainstaluj gget w czystym środowisku wirtualnym, aby uniknąć konfliktów zależności. Użyj polecenia uv pip install gget (rekomendowane) lub pip install --upgrade gget. W Pythonie lub Jupyter zaimportuj pakiet: import gget.

2. Poznaj podstawową składnię. Z linii poleceń używaj gget <moduł> [argumenty] [opcje]. W Pythonie wywołaj funkcję: gget.moduł(argumenty, opcje). Wyniki domyślnie zwracane są jako JSON (CLI) lub DataFrame/słownik (Python).

3. Pobierz genom referencyjny za pomocą modułu ref. Przykład: gget ref homo_sapiens zwróci linki do pobrania i metadane genomu człowieka. Użyj flagi -w aby wybrać konkretne typy plików (gtf, dna, pep itp.).

4. Wykonaj wyszukiwanie BLAST dla szybkiego porównania sekwencji. Moduł blast jest preferowany do szybkich zapytań; dla zaawansowanego przetwarzania wsadowego rozważ biopython.

5. Zapytaj o informacje o genach, strukturach białek lub danych ekspresji, wybierając odpowiedni moduł (np. gene info, AlphaFold, ARCHS4). Wszystkie moduły obsługują flagi -o (zapis do pliku) i -csv (format CSV w CLI).

6. Pamiętaj, że bazy danych są regularnie aktualizowane. gget jest testowany co dwa tygodnie i aktualizowany, aby dopasować się do nowych struktur baz danych.