geo-database

Access NCBI GEO for gene expression/genomics data. Search/download microarray and RNA-seq datasets (GSE, GSM, GPL), retrieve SOFT/Matrix files, for transcriptomics and expression analysis.

1. Zainstaluj umiejętność w swoim środowisku Claude lub Codex, dodając ją do konfiguracji agenta jako skill naukowy do analizy genomicznej.

2. Zidentyfikuj typ danych, który Cię interesuje – serie (GSE) dla pełnych eksperymentów, próbki (GSM) dla pojedynczych replik biologicznych, platformy (GPL) dla informacji o technologii sekwencjonowania lub mikroarray'u, albo zestawy danych (GDS) dla już przetworzonych i porównywalnych próbek.

3. Wyszukaj dane w bazie GEO, używając numeru akcesu (np. GSE123456 dla serii) lub nazwy genu – umiejętność obsługuje zapytania po identyfikatorach akcesu i profilach genów.

4. Pobierz pliki surowe lub przetworzone – umiejętność umożliwia pobranie plików SOFT (format tekstowy metadanych) i Matrix (dane ekspresji w formacie tabelarycznym) dla wybranego eksperymentu.

5. Zintegruj pobrane dane w swoją analizę transkryptomiczną – wykorzystaj pobrane pliki do porównawczych analiz ekspresji genów, badania profili ekspresji lub dalszych obliczeń bioinformatycznych.

6. Jeśli pracujesz z wieloma eksperymentami, zacznij od zestawów danych (GDS), które są już wstępnie przetworzane i sformatowane dla analiz porównawczych, co przyspiesza workflow.