gene-database
Query NCBI Gene via E-utilities/Datasets API. Search by symbol/ID, retrieve gene info (RefSeqs, GO, locations, phenotypes), batch lookups, for gene annotation and functional analysis.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Query NCBI Gene via E-utilities/Datasets API. Search by symbol/ID, retrieve gene info (RefSeqs, GO, locations, phenotypes), batch lookups, for gene annotation and functional analysis.
How to use
Zainstaluj skill w swoim środowisku Claude, dodając pliki z repozytorium K-Dense-AI do katalogu scientific-skills.
Wybierz metodę dostępu do danych: użyj E-utilities do złożonych zapytań i wyszukiwań w wielu bazach danych, lub wybierz Datasets API do prostszych zapytań o dane genów z metadanymi i sekwencjami w jednym żądaniu.
Aby wyszukać gen po symbolu, uruchom skrypt query_gene.py z parametrami symbolu genu i organizmu, na przykład "BRCA1 in human" lub "insulin[gene name] AND human[organism]". Skrypt zwróci pasujące identyfikatory genów.
Dla znanych identyfikatorów genów użyj skryptu fetch_gene_data.py z Datasets API, aby pobrać szczegółowe informacje obejmujące sekwencje referencyjne, funkcje biologiczne, lokalizację na chromosomie i fenotypy.
Możesz również wyszukiwać geny powiązane z chorobami, na przykład "dystrophin[gene name] AND muscular dystrophy[disease]", lub filtrować wyniki po lokalizacji chromosomowej, na przykład "human[organism] AND 17q21[chromosome]".
Dla większych zbiorów danych wykonaj wyszukiwania zbiorowe, przekazując listę symboli genów lub identyfikatorów do skryptu w celu uzyskania informacji dla wielu genów w jednym zapytaniu.