etetoolkit
Phylogenetic tree toolkit (ETE). Tree manipulation (Newick/NHX), evolutionary event detection, orthology/paralogy, NCBI taxonomy, visualization (PDF/SVG), for phylogenomics.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Phylogenetic tree toolkit (ETE). Tree manipulation (Newick/NHX), evolutionary event detection, orthology/paralogy, NCBI taxonomy, visualization (PDF/SVG), for phylogenomics.
How to use
Zainstaluj ETE Toolkit jako umiejętność w swoim środowisku Claude lub Codex. Upewnij się, że masz dostęp do pliku tree_operations.py oraz biblioteki ete3 w Pythonie.
Przygotuj plik drzewa w formacie Newick (rozszerzenie .nw) zawierający topologię filogenetyczną, którą chcesz analizować. Jeśli posiadasz drzewo w innym formacie (NHX, PhyloXML), użyj komendy konwersji.
Aby wyświetlić statystyki drzewa, uruchom: python scripts/tree_operations.py stats tree.nw. Otrzymasz liczbę liści, węzłów i inne parametry topologiczne.
Jeśli chcesz przekonwertować format drzewa, użyj: python scripts/tree_operations.py convert tree.nw output.nw --in-format 0 --out-format 1, gdzie liczby formatów odpowiadają Newick (0) lub NHX (1).
Aby ukorzenić drzewo w punkcie środkowym, wykonaj: python scripts/tree_operations.py reroot tree.nw rooted.nw --midpoint. To wyrówna gałęzie i ustawi punkt korzenia w optymalnym miejscu.
Jeśli potrzebujesz zawęzić analizę do wybranych gatunków, użyj: python scripts/tree_operations.py prune tree.nw pruned.nw, podając listę taksonów do zachowania. Zapisz wynik i użyj go do dalszych analiz ewolucyjnych lub wizualizacji.