esm

Comprehensive toolkit for protein language models including ESM3 (generative multimodal protein design across sequence, structure, and function) and ESM C (efficient protein embeddings and representations). Use this skill when working with protein sequences, structures, or function prediction; designing novel proteins; generating protein embeddings; performing inverse folding; or conducting protein engineering tasks. Supports both local model usage and cloud-based Forge API for scalable inference.

1. Zainstaluj pakiet ESM i jego zależności (PyTorch, CUDA jeśli pracujesz lokalnie). Pobierz model ESM3 lub ESM C za pomocą predefiniowanych ścieżek (np. "esm3-sm-open-v1" dla wersji lokalnej lub "esm3-medium-2024-08" dla Forge API).

2. Aby generować sekwencje białek lokalnie, zaimportuj ESM3InferenceClient i załaduj model na GPU poleceniem .to("cuda"). Utwórz obiekt ESMProtein z częściową sekwencją, gdzie znaki podkreślenia (_) oznaczają pozycje do uzupełnienia.

3. Wywołaj metodę model.generate() z konfiguracją GenerationConfig, określając tryb (np. "sequence" do generacji sekwencji) i liczbę kroków iteracji. Model zwróci uzupełnioną sekwencję białka.

4. Dla pracy w chmurze zamiast lokalnego modelu użyj ESM3ForgeInferenceClient, połącz się z API Forge podając URL i identyfikator modelu, a następnie wykonaj generację w ten sam sposób — interfejs API obsługuje te same operacje.

5. Eksperymentuj z różnymi konfiguracjami: zmień liczbę kroków generacji, spróbuj różnych trybów (struktura, funkcja) lub użyj modelu ESM C do obliczania osadzań dla istniejących sekwencji białek bez generacji nowych.

6. Dla zadań inżynierii białkowej (odwrotne składanie, projektowanie wariantów) przygotuj dane wejściowe w formacie ESMProtein i iteracyjnie refine wyniki, dostosowując parametry GenerationConfig na podstawie otrzymanych rezultatów.