ensembl-database
Query Ensembl genome database REST API for 250+ species. Gene lookups, sequence retrieval, variant analysis, comparative genomics, orthologs, VEP predictions, for genomic research.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Query Ensembl genome database REST API for 250+ species. Gene lookups, sequence retrieval, variant analysis, comparative genomics, orthologs, VEP predictions, for genomic research.
How to use
Zainstaluj pakiet ensembl_rest za pomocą pip: pip install ensembl-rest. Alternatywnie możesz wysyłać żądania bezpośrednio do REST API Ensembl bez dodatkowych bibliotek, używając requests lub innego klienta HTTP.
Zainicjuj klienta Ensembl w swoim kodzie: from ensembl_rest import EnsemblClient; client = EnsemblClient(). Serwer API znajduje się pod adresem https://rest.ensembl.org.
Wyszukaj gen po symbolu, np. BRCA2 lub TP53, używając metody symbol_lookup(species='human', symbol='BRCA2'). Otrzymasz podstawowe informacje o genie, w tym jego położenie chromosomowe i identyfikatory w zewnętrznych bazach danych.
Pobierz szczegółowe informacje o genie za pomocą lookup_id(), podając ID Ensembl (np. ENSG00000139618 dla BRCA2) i parametr expand=True, aby uzyskać transkrypty, białka i dodatkowe adnotacje.
Dla bardziej zaawansowanych analiz użyj Variant Effect Predictora (VEP) do analizy wariantów genetycznych lub wyszukaj ortologi i paralogi między gatunkami, aby porównać geny w różnych organizmach.
Zintegruj pobrane dane z Ensembl w swoim potoku badawczym — API zwraca dane w formacie JSON, które łatwo przetwarzać w Pythonie lub innych narzędziach bioinformatycznych.