ena-database
Access European Nucleotide Archive via API/FTP. Retrieve DNA/RNA sequences, raw reads (FASTQ), genome assemblies by accession, for genomics and bioinformatics pipelines. Supports multiple formats.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Access European Nucleotide Archive via API/FTP. Retrieve DNA/RNA sequences, raw reads (FASTQ), genome assemblies by accession, for genomics and bioinformatics pipelines. Supports multiple formats.
How to use
Zainstaluj skill w swoim środowisku Claude lub Codex, wskazując repozytorium davila7/claude-code-templates i ścieżkę cli-tool/components/skills/scientific/ena-database.
Przygotuj identyfikator dostępu (accession number) sekwencji, którą chcesz pobrać — może to być numer projektu (Study), próbki (Sample), przebiegu sekwencjonowania (Run) lub montażu genomu (Assembly). Numery te znajdziesz w bazie ENA lub w publikacjach naukowych.
Użyj API REST archiwum do wyszukania danych — podaj numer dostępu lub kryteria wyszukiwania (np. organizm, typ danych), aby uzyskać metadane i informacje o dostępnych plikach.
Wybierz format pobierania: surowe odczyty w FASTQ dla danych sekwencjonowania, montaż genomu w formacie FASTA dla sekwencji zmontowanych, lub dane funkcjonalne w formacie EMBL dla adnotacji. Skill obsługuje wszystkie te formaty.
Pobierz pliki za pośrednictwem FTP lub Aspery — dla małych zbiorów użyj bezpośredniego pobierania przez API, dla dużych zbiorów danych skorzystaj z transferu FTP lub Aspery w celu przyspieszenia procesu.
Zintegruj pobrane dane z twoim bioinformatycznym pipelinenem — pliki są gotowe do dalszej analizy, wyrównania sekwencji, montażu lub adnotacji funkcjonalnej.