cosmic-database
Access COSMIC cancer mutation database. Query somatic mutations, Cancer Gene Census, mutational signatures, gene fusions, for cancer research and precision oncology. Requires authentication.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Access COSMIC cancer mutation database. Query somatic mutations, Cancer Gene Census, mutational signatures, gene fusions, for cancer research and precision oncology. Requires authentication.
How to use
Zarejestruj się na stronie https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/register — użytkownicy akademiccy otrzymują bezpłatny dostęp, użytkownicy komercyjni muszą uzyskać licencję od QIAGEN.
Zainstaluj wymagane zależności Python: uruchom polecenie
uv pip install requests pandasw swoim środowisku.Przygotuj skrypt pobierania danych, importując funkcję
download_cosmic_filez modułuscripts.download_cosmic.Wywołaj funkcję z parametrami: adres e-mail i hasło do konta COSMIC, ścieżka do pliku danych (np. "GRCh38/cosmic/latest/CosmicMutantExport.tsv.gz") oraz nazwa pliku wyjściowego.
Plik z danymi mutacji zostanie pobrany i zapisany lokalnie — możesz go następnie zintegrować z pipeline'em bioinformatycznym lub analizować w narzędziach takich jak pandas.
Dla zaawansowanych zastosowań możesz pobierać różne typy danych: Cancer Gene Census, profile sygnatur mutacyjnych, warianty strukturalne, alteracje liczby kopii lub dane linii komórkowych nowotworowych.