cellxgene-census
Query CZ CELLxGENE Census (61M+ cells). Filter by cell type/tissue/disease, retrieve expression data, integrate with scanpy/PyTorch, for population-scale single-cell analysis.
Installation
Pick a client and clone the repository into its skills directory.
Installation
About this skill
Query CZ CELLxGENE Census (61M+ cells). Filter by cell type/tissue/disease, retrieve expression data, integrate with scanpy/PyTorch, for population-scale single-cell analysis.
How to use
Zainstaluj bibliotekę Census za pomocą polecenia: uv pip install cellxgene-census. Jeśli planujesz pracę z modelami uczenia maszynowego, dodaj flagę [experimental]: uv pip install cellxgene-census[experimental].
Otwórz Census przy użyciu context managera (instrukcja with), aby zapewnić prawidłowe zamknięcie zasobów. Możesz użyć najnowszej stabilnej wersji lub określić konkretną wersję, podając parametr census_version (np. "2023-07-25") dla powtarzalności wyników.
Przeszukuj dane, filtrując po interesujących Cię kryteriach — typ komórki, tkanka, choroba lub inny parametr metadanych. Census zwróci odpowiednie komórki z dostępnych zbiorów danych.
Pobierz macierze ekspresji genów dla wybranych komórek i zintegruj je z Twoim pipeline'em analizy — możesz pracować ze scanpy, PyTorch lub innymi narzędziami bioinformatycznymi.
Wykorzystaj wstępnie obliczone osadzenia i statystyki zawarte w Census do przyspieszenia analizy lub trenowania modeli na dużych populacjach komórek bez konieczności przetwarzania surowych danych od zera.