bio-ribo-seq-translation-efficiency

Calculate translation efficiency (TE) as the ratio of ribosome occupancy to mRNA abundance. Use when comparing translational regulation between conditions or identifying genes with altered translation independent of transcription.

1. Przygotuj dane wejściowe: pliki BAM z sekwencjonowania Ribo-seq i RNA-seq oraz plik GTF z adnotacją genomową zawierającą informacje o transkryptach i regionach kodujących (CDS).

2. Zainstaluj wymagane biblioteki. W R zainstaluj pakiet riborex wraz z DESeq2 (wersja 1.42 lub nowsza). W Pythonie zainstaluj plastid, pandas (2.2+) i numpy (1.26+) za pomocą pip. Sprawdź wersje zainstalowanych pakietów poleceniami pip show lub packageVersion() w R.

3. Załaduj funkcję calculate_te z umiejętności, która wczytuje transkrypty z pliku GTF oraz wyrównania z plików BAM dla Ribo-seq i RNA-seq.

4. Uruchom funkcję podając ścieżki do plików BAM (riboseq_bam, rnaseq_bam) i pliku GTF (gtf_path). Funkcja obliczy stosunek TE = liczba odczytów Ribo-seq / liczba odczytów RNA-seq dla każdego genu.

5. Zinterpretuj wyniki: wartości TE > 1 wskazują na efektywną translację (więcej ribosomów na mRNA), wartości TE < 1 oznaczają słabą translację. Zmiany TE między warunkami eksperymentalnymi wskazują na regulację translacyjną.

6. Jeśli napotkasz błędy ImportError, AttributeError lub TypeError, sprawdź sygnatury funkcji w zainstalowanych pakietach za pomocą help() w Pythonie lub ? w R i dostosuj kod do rzeczywistego API biblioteki.